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1 | Phage Australia sequence submission instructions Please follow these instructions to submit your phage or bacterial genomes for accessioning and sequencing into the Phage Australia network. Currently we only add items from partners within the network. Not a partner? Email us to join: join@phageaustralia.org | ||||||||||||||||||||||||||
2 | 1. Download or Duplicate this spreadsheet. Then Fill in your Contact Details and your Sample Details. | ||||||||||||||||||||||||||
3 | 2. Make sure you adhere to the following requirements: | ||||||||||||||||||||||||||
4 | Application | WGS | mRNAseq | Total RNAseq | |||||||||||||||||||||||
5 | Amount required | 1-500ng | 25-1000ng | 1-1000ng | Please provide maximum amount possible to minimize PCR bias | ||||||||||||||||||||||
6 | Minimum volume required | 35ul | 30ul | 16ul | This will provide enough for library preparation and sample QC | ||||||||||||||||||||||
7 | Recommended volume for submission | 70ul | 60ul | 32ul | This will provide enough for a repeat run if needed | ||||||||||||||||||||||
8 | Delivery temperature | 4⁰C (for same day delivery) or -20⁰C | -20 | -20 | |||||||||||||||||||||||
9 | 3. Please label tubes with sample ID, date, and your initials. Include a printout of the form with your samples. Deliver samples to the address: Westmead Institute for Medical Research 176 Hawkesbury Road, Westmead, NSW, 2145 Attention: Joey Lai | ||||||||||||||||||||||||||
10 | 4. Once you've put your samples in the mail, email this form to sequencing@phageaustralia.org | ||||||||||||||||||||||||||
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12 | Contact Details | ||||||||||||||||||||||||||
13 | Name | Lab | Institute | Address | Contact Number | ||||||||||||||||||||||
14 | Jessica Sacher | Iredell Lab | Westmead Institute for Research | ||||||||||||||||||||||||
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18 | Sample_id | Organism | Phage_propagating_strain | Phage_propagating_strain_id | Fasta_file_url | Genbank_accession | Dna_extraction_kit | Dna_concentration | Nano_260_280 | Nano_260_230 | Volume_submitted | Comments | |||||||||||||||
19 | Internal ID used for phages or bacteria | "Bacteriophage" or spell out bacterial species | If phage, the propagating strain. Helps us troubleshoot | If phage, the internal ID of the propagating strain. Helps us troubleshoot | (Optional) Add if previously sequenced; used for genome comparison projects; URL or instructions to download | (Optional) Add if uploaded to Genbank; helps us compare and troubleshoot | If custom kit or method, please add details | Nanodrop DNA concentration in DNA plate (ng/ul) | Nanodrop 260 280 | Nanodrop 260 230 | in ul | (Optional) Additional concentration details, special requests, etc. | |||||||||||||||
20 | phageIdNumberOne | Bacteriophage | Mycobacterium smegmatis | Mycobacterium smegmatis mc²155 | https://phagesdb.org/media/fastas/Muddy.fasta | KF024728 | qiagen | 1 | 3 | 0.5 | 0.15 uL | Ready for sequencing run. Concentration in Qubit: 2.00 ng/ ul | |||||||||||||||
21 | Pa01 | Pseudomonas aeruginosa | invitrogen | 1 | 3 | 0.5 | 0.15 uL | Ready for sequencing run. Concentration in Qubit: 2.00 ng/ ul | |||||||||||||||||||
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